La philosophie du Moyen Age, telle qu'elle fut enseignée dans les écoles ecclésiastiques et les universités d'Europe jusqu'au XVIIe siècle est dominée par la recherche de l'accommodation de la philosophie grecque avec la doctrine chrétienne. Héritière, pour l'essentiel, du christianisme, la pensée médiévale a ses racines dans une théologie qui se présente comme l'achèvement des doctrines de Platon, d'Aristote et des stoïciens. Le christianisme, s'appuyant sur la raison divine grâce à la Révélation, prétend conduire la philosophie à sa plénitude, la philosophie païenne, cherchant la vérité à l'aide des seules ressources de la raison humaine, étant considérée comme incapable d'accéder à la vérité.

La transition de l'Antiquité au Moyen-Age est résumée dans la vie de Saint-Augustin (354-430) : il fut un temps manichéen, une secte religieuse qui divisait le monde en deux : bien et mal, ombre et lumière, esprit et matière; il fut séduit un temps par les idées des stoïciens pour qui la frontière entre bien et mal n'existe pas avant d'être influencé par le néo-platonisme. Devenu évèque, il explique que ce n'est qu'en devenant chrétien qu'on peut, par la foi, accéder à une connaissance quasi surnaturelle de Dieu; selon lui, les "Idées" existaient dans les pensées de Dieu avant que celui-ci ne crée le monde; il sauve ainsi la théorie des idées éternelles de Platon.

Pour bien comprendre les bouleversements de cette époque, il faut savoir que Rome qui comptait un million d'habitants sous l'Antiquité voit sa population réduite à 40.000 habitants en l'an 600 (elle n'en comptera plus que 17.000 en 1417). C'est dans ce contexte que Rome devient le siège de la papauté. 529 est une année symbole de la mainmise de l'Eglise sur la philosophie grecque lorsqu'elle fait fermer les portes de l'Académie de Platon à Athènes.

Le néo-platonisme est transmis à la culture romaine-catholique, tandis que Platon et Aristote le sont à la culture arabe. A la fin du XIIe siècle, c'est grâce à l'influence des Arabes d'Espagne qu'on redécouvre la pensée aristotélicienne. Se repose alors la question du rapport entre la révélation chétienne et la philosophie grecque. Pendant le haut Moyen-Age, les grands philosophes / théologiens (difficile à l'époque de faire la différence) sont :

- Albert le Grand (1200-1280) a joué un rôle très important en introduisant dans les universités d’Europe les sciences grecques et arabes. Son originalité consiste en ce qu'il donna le premier une reproduction d'ensemble de la doctrine d'Aristote en s'inspirant des commentateurs arabes en même temps que des dogmes de l'Église. Sans rompre avec le platonisme et le néo-platonisme qui avaient dominé dans la première période de la scolastique, il fit passer au premier plan la philosophie d'Aristote, plus neuve et plus puissante, mais jusque-là proscrite par l'Église, en quoi il exerça sur le cours ultérieur des idées une action peut-être décisive.

- Thomas d'Aquin (1225-1274) "christianise" Aristote de la même façon que Saint-Augustin avait christianisé Platon. Selon lui, la philosophie étudie d'abord les êtres créés, pour s'élever ensuite à la connaissance de Dieu; la théologie, au contraire, commence par l'étude de Dieu. Philosophie et théologie diffèrent donc par l'objet premier de la connaissance humaine, et elles différeront aussi en conséquence par leur méthode. La thèse de Thomas d'Aquin est que foi et raison ne peuvent se contredire car elles émanent toutes deux de Dieu ; la théologie et la philosophie ne peuvent donc pas parvenir à des vérités divergentes.

Quelques années après Thomas d'Aquin, la grande culture chrétienne se lézarde; la philosophie et la science se détachent progressivement de la théologie de l'Eglise. On voit l'avènement d'une nouvelle méthode scientifique et d'une nouvelle conviction religieuse qui permirent les deux grand bouleversements des XIVe et XVe siècles : la Renaissance et la Réforme.

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