Descartes est à l'origine de la philosophie des temps modernes; il fut le premier à construire un véritable système philosophique, comme le feront par la suite Spinoza, Locke, Berkeley, Hume et Kant.

Il y a une filiation de Socrate et Platon jusqu'à Descartes en passant par Saint Augustin : ils étaient tous des rationalistes invétérés et avaient la conviction que seule la raison permet une connaissance claire : ne pas se fier à nos sens ni aux écrits anciens. Descartes propose de commencer par la connaissance de ce qui est le plus simple et le plus fondamental puis le composer jusqu’aux connaissances complexes. En sens inverse, en face d’une question complexe, la décomposer en ses éléments les plus simples.

Cette méthode présuppose que tout problème se décompose en éléments simples traitables individuellement. Elle suppose donc que la complexité n’est qu’un effet de la composition, en excluant la possibilité d’une complexité essentielle à certains phénomènes indécomposables.

Descartes explique que la philosophie est comme un arbre dont les racines sont la métaphysique, le tronc la physique et les branches les autres sciences avec trois branches principales : la médecine, la mécanique et la morale. Ce sont ces branches qui produisent des fruits ; dans la vie de tous les jours, nous profitons des applications de ces sciences mais il faut auparavant que grandisse tout l’arbre de la philosophie.

Les quatre maximes de Descartes sont :
  • conformisme de principe : se ranger aux coutumes des hommes parmi lesquels on vit,
  • lorsqu’on prend une décision, s’y tenir avec fermeté comme si c’était la meilleure,
  • ne pas désirer l’impossible,
  • rechercher la vérité pour savoir quoi faire de sa vie.
Descartes transpose la méditation en exercice philosophique et le doute comme principe de base à toute méditation : imaginer qu’un Malin génie tout puissant a décidé de nous tromper et considérer comme fausse toute connaissance, à commencer par des évidences comme 2 et 2 font 4, … « comme si on était tombé dans une eau très profonde sans savoir dans quelle direction se trouve la surface ». A ce stade, une seule chose est sûre : pendant qu’on doute de tout, c’est qu’on doute. Il reste à reconstruire les vérités une à une.

La première vérité, « Cogito ergo sum ! » : en doutant, je pense … donc je suis !

La seconde vérité, « Dieu existe » :
  • Dieu existe parce que j’en ai l’idée : on peut, par imagination, fabriquer des idées (idée d’homme + idée de cheval = idée de centaure), mais pas l’idée de Dieu, affirme Descartes, parce qu’elle contient un infini. Explication : je doute, donc je ne suis pas un être infini, donc je ne peux pas être la cause créatrice de l’idée de Dieu parce que je ne peux pas avoir mis dans cette idée l’infini que je ne possède pas en moi, donc l’idée de Dieu me vient de l’extérieur et d’un être infini qui possède les perfections infinies qui appartiennent à l’idée de Dieu, donc l’idée de Dieu ne peut avoir été créée que par Dieu, donc Dieu existe et il est bien Dieu.
  • Dieu existe par définition : parmi les propriétés que possède Dieu figurent toutes les perfections possibles, or l’existence est une perfection (un Dieu qui existe est plus parfait qu’un Dieu exactement semblable mais qui n’existe pas).
La troisième vérité (la règle d’évidence) : Dieu étant parfait ne peut pas vouloir nous tromper, jamais, en aucun cas ; donc toute idée qui nous apparait parfaitement claire et distincte est vraie ; mais attention la liberté de penser qu’il a semée dans notre esprit peut nous amener à des jugements précipités qui sont alors faux. Descartes affirme que l’homme est confronté à un monde créé et ordonné par un Créateur qui a voulu que l’esprit humain puisse connaître ce monde ; nous sommes donc prédestinés à partir à la recherche de la vérité et à la conquête du monde.

Selon Descartes, Dieu nous a donné accès à la connaissance des causes efficientes (les mécanismes matériels) pas à la connaissance des causes finales (les fins de la nature) qui relèvent de sa souveraineté. Expliquer signifie donc décomposer le mécanisme matériel, rien de plus. Descartes construit donc une physique strictement mécaniste et matérialiste.

Descartes ramène toute la Nature au statut de simple machine matérielle ; pour lui l’homme est un animal-machine auquel viennent s’ajouter les fonctions de l’âme. Il distingue radicalement l'âme (substance pensante) et le corps (substance étendue). A l'époque aristotélicienne, l'âme et le corps ne faisait qu'un par conséquent il n'y avait pas de distinction entre la science et la philosophie. Le dualisme introduit par Descartes est à la base de nouveaux courants psychologiques.

D’après lui, l’âme a son siège dans une petite glande du cerveau qu’il appelle « pinéale » ; lors d’une perception, les esprits viennent frapper la glande avec certains paramètres qui font que l’âme reconnait la perception (un loup devant soi) et renvoie des messages vers les nerfs moteurs (demi-tour et fuite) ; l’âme peut également mouvoir de sa propre volonté les esprits, ces particules qui circulent dans les nerfs. Lorsque le corps agit sur l’âme par le mouvement des esprits, il déclenche une passion de l’âme qui subit (colère, peur, joie, …). L’homme doit alors maîtriser, dresser ses passions qui sont toutes bonnes par nature mais dont l’usage et surtout l’excès peut être mauvais. La liberté au sens négatif (notre pouvoir de faire le contraire du bien et du raisonnable) est ce qui donne sa valeur à la liberté au sens positif : faire le bien et le raisonnable … librement.